09 PCR

Variabilní počet tandemových repeticí (VNTR) podílející se na polymorfizmech délky repetitivních sekvencí detekujeme prostřednictvím:
PCR
štěpení restrikčními endonukleázami
Southernovy hybridizace

Polymorfizmus délky amplifikovaných fragmentů (AFLP) je:
-typizační metoda, která využívá selektivní amplifikaci souboru fragmentů DNA
-Vyjádření rozdílů v délce fragmentů genomové DNA podmíněné přítomností tandemové repetice
-vyjádření rozdílů v délce amplifikačních produktů vznikajících při použití některých modifikací PCR (např. AP-PCR, Rep-PCR)

Mezi diagnostické metody, které nevyužívají termofilní DNA polymerázu pro amplifikaci DNA patří:
-PCR
-LCR –ligázová řetězová reakce
-RT-PCR

Které z molekulárně diagnostických metod poskytují fingerprint tvořený více pruhy na gelu a můžeme hodnotit shlukovou analýzou?
-analýza RFLP
-genově specifická PCR
-ligázová řetězová reakce
-ribotypizace

Polymorfizmy délky restrikčních fragmentů (RFLP) u DNA jsou způsobeny:
-použitím různých restrikčních endonukleáz
-mutacemi vznikajícími v genomech
-odlišnou elektroforetickou pohyblivostí stejně dlouhých fragmentů DNA
-modifikací restričních míst prostřednictvím specifické metylázy

Označte diagnostické techniky, které patří mezi nepřímé metody pro detekci polymorfizmů
-Pulzní gelová elektroforéza
-Náhodná polymerázová řetězová reakce (AP-PCR)
-Selektrivní hybridizace restrikčních fragmentů
-Denaturační gradientová gelová elektroforéza
-Sangerovo sekvencování
-Stanovení polymorfizmus konformace jednořetězců
-Stanovení polymorfizmu délky restrikčních fragmentů (RFLP)
-Detekce jednonukleotidovývh polymorfizmů pomocí DNA-čipů

Polymorfizmus délky amplifikovaných fragmentů (AFLP) je:
-vyjádření rozdílů v délce amplifikačních produktů vznikajících při použití některých modifikací PCR (např. AP-PCR, Rep-PCR)
-typizační metoda, která využívá selektivní amplifikaci souboru fragmentů DNA
-Vyjádření rozdílů v délce fragmentů genomové DNA podmíněné přítomností tandemové repetice

Mezi diagnostické metody, které jsou založené na konformačních změnách molekul DNA patří:
-pulzní gelová elektroforéza (PFGE)
-analýza elektroforetické mobility heteroduplexů (HMA)
-analýza polymorfizmu konformace jednořetězců (SSCP)
-denaturační gradientová gelová elektroforéza (DGGE)

Fingerprint (otisk) DNA je:
-elektroforetogram fragmentů DNA se specifickým otiskem proteinu
-jakýkoli profil genomu nebo jeho části u konkrétního organizmu zobrazený např. spektrem restrikčních fragmentů nebo restrikčních fragmentů hybridizujících ke specifické sondě nebo produktů PCR
-vyjádření rozdílů v počtu a velikosti restrikčních fragmentů vytvářených štěpením genomových DNA dvou a více jedinců téhož druhu určitou restrikční endonukleázo

Vyberte metody vhodné pro typizaci genů (alel) nebo jejich částí:
-Denaturační gradientová gelová elektroforéza (DGGE)
-PCR-RFLP
-Jednolokusová sekvenční typizace (sekvencování)
-kvantitativní (real-time) PCR
-Ribotypizace (u prokaryot)
-Makrorestrikční analýza provedená pulzní gelovou elektroforézou
-Stanovení polymorfizmus konformace jednořetězců
-Stanovení polymorfizmu délky restrikčních fragmentů (RFLP)
-Náhodně amplifikovaná DNA (AP-PCR)

Ligázová řetězová reakce se používá:
-pro amplifikaci DNA za účelem získání většího počtu molekul, jako alternativa PCR
-pro přípravu značených sond používaných při hybridizaci
-pro detekci bodových mutací na základě amplifikace sondy

Selektivní hybridizace restrikčních fragmentů (SRFH) umožňuje detekovat polymorfismy:
SSLP
AFLP
SSCP
RFLP

Které z molekulárně diagnostických metod poskytují fingerprint tvořený více pruhy na gelu a můžeme hodnotit shlukovou analýzou?
ligázová řetězová reakce
analýza RFLP
genově specifická PCR
ribotypizace

Vyberte metody vhodné pro typizaci celých genomů:
-Stanovení polymorfizmus konformace jednořetězců
-Ribotypizace (u prokaryot)
-PCR-RFLP
-Stanovení polymorfizmu délky restrikčních fragmentů (RFLP)
-Náhodně amplifikovaná DNA (AP-PCR)
-Jednolokusová sekvenční typizace (sekvencování)
-Makrorestrikční analýza provedená pulzní gelovou elektroforézou
-Denaturační gradientová gelová elektroforéza (DGGE)

Jaké je min.množství DNA o délce 100bp postačující k její amplifikaci pomocí PCR?

frekvence chybného začleňování za podmínek amplifikace in vitro je asi:

která z uvedených teplotních hodnot není slučitelná s amplifikací DNA prováděnou pomocí PCR v termocykleru?
-50C pro syntézu DNA
-90C pro syntézu DNA
-80C pro denaturaci DNA
-60C pro připojení primerů

Polymerázová řetězová reakce je založena na principu:

reakční produkty PCR se nejčastěji detekují:

Taq DNA-polymeráza se vyznačuje jakými aktivitami?

jednonukleotidové polymorfismy v genomu můžeme detekovat ...

teplotu úro připojení primerů vypočítáme z ...

Pro PCR použijeme jako templát 4molekuly DNA,po dvou cyklech reakce získáme...

primery pro standardní PCR:
- jsou navzájem komplementární na 5´koncích
- neměly by vytvářet vnitřní sekundární struktury
- jsou tvořeny deoxyribonukleotidy
- mají rovnoměrnou distribuci oblastí bohatých na G/C a A/T páry
- jsou dlouhé 15-20 nukleotidů

Rychlost syntézy DNA Taq DNA-polymerázou při reakci PCR je ...

přiřaďte správná rozmezí teplot, které se při PCR používají pro jednotlivé kroky amplifikačního cyklu:
syntéza DNA
denaturace DNA
připojení primerů
40-56C
70-75C
94-99C

Jako primerů se při PCR používá ...