07TEST Sekvencování

Sekvence nukleotidů zapisujeme ve směru od:
-libovolně s označením obou konců
-3'-konce k 5'-konci
-5'-konce k 3'-konci

Při sekvencování genomů strategií náhodného sekvencování se vyžaduje pro ověření správnosti sekvence pokrytí:
3× na jednom řetězci
1× na jednom z řetězců
1× na jednom řetězci a 1× na druhém řetězci
alespoň 2× na jednom řetězci a 1× na druhém řetězci

Vyberte složky, které nepatří do reakční směsi při enzymovém sekvencování:
DNA-polymeráza
4 dNTP (dATP, dTTP, dGTP, dCTP)
močovina
jednořetězcová DNA, jejíž sekvence má být stanovena
polyakrylamid
primer
2',3'-ddXTP (dideoxynukleotid)
restrikční endonukleáza

Snížení koncentrace dideoxyribonukleosidtrifosfátů v poměru k deoxyribonukleosidtrifosfátům je výhodné pro:
-eliminaci sekundárních struktur DNA, které mohou komplikovat průběh sekvenační reakce 
-stanovení nukleotidových sekvencí umístěných dále od primeru 
-určení krátkých nukleotidových sekvencí

Piperidin se při chemické metodě sekvencování používá k:
-modifikaci a štěpení purinových bází
-odštěpení modifikovaných bází a přerušení polynukleotidového řetězce
-modifikaci purinových bází
-modifikaci a štěpení pyrimidinových bází

Při automatickém sekvencování se k detekci separovaných fragmentů ssDNA používá:
-primerů nebo koncových inhibitorů značených neradioaktivně
-dNTP značených radioaktivně nebo neradioaktivně
-primerů značených radioaktivně
-koncových inhibitorů značených radioaktivně

Při automatickém sekvencování jsou reakční produkty separovány prostřednictvím
-standardní polyakrylamidové elektroforézy
-kapilární elektroforézy za nedenaturujících podmínek
-agarózové elektroforézy
-kapilární elektroforézy při denaturačních podmínkách

Sekvence proteinů zapisujeme ve směru od:
-N-konce k C-konci
-libovolně s označením obou konců
-C-konce k N-konci

Uspořádané sekvencování (procházení primerem):
-nevyžaduje znalost sekvence, ke které se připojuje primer
-vyžaduje subklonování analyzovaného úseku
-přináší mnohonásobné stanovení nadbytečných sekvencí
-minimalizuje stanovení nadbytečných sekvencí
-vyžaduje znalost sekvence, ke které se připojuje primer
-nevyžaduje subklonování analyzovaného úseku

Průměrná délka sekvence stanovené v jedné reakci je při použití enzymatického sekvencování:
2000 nt
500 až 800 nt
100 až 300 nt
méně než 100 nt

Jako koncových inhibitorů se při enzymové metodě sekvencování používají:
dNTP použité v nízké koncentraci
ddNTP značené radioaktivně
ddNTP nebo jiné analogy obvyklých dNTP
dNTP značené radioaktivně nebo neradioaktivně

Sekvence ve formátu FASTA začíná znakem
::
|
<
>
:

Vyberte nezbytné předpoklady pro stanovení sekvence DNA:
-DNA s místem pro vazbu primeru nebo s koncovou značkou
-Příprava jednořetězcové formy DNA, jejíž sekvence má být sanovena
-Přesné elektroforetické rozdělení fragmentů DNA lišících se svou délkou o 2 nukleotidy
-Příprava souboru všech fragmentů ssDNA lišících se svou délkou o jeden nukleotid

Symbol X v sekvenci proteinu má význam:
tyrosin
prolin
jakákoli aminokyselina
kys. glutamová nebo glutamin
tryptofan

Optimální velikost klonovaných fragmentů při náhodném sekvencování je
100 - 500 bp
2000 - 5000 bp
500 - 1000 bp
1 300 – 2 000 bp

Kontigová mapa je
-soubor uspořádaných, vzájemně se překrývajících úseků genomu (kontigů)
-soubor klonů s naklonovanými úseky genomu, které představují všechny dosud charakterizované geny
-restrikční mapa sestavená z makrorestrikčních fragmentů DNA

Při sekvencování musí mít elektroforetické gely schopnost odlišit dva DNA řetězce, jejichž délka se vzájemně liší o
4 báze
1 bázi
250-300 bází
2-5 bází

Automatické sekvencování DNA je založeno na metodě:
Sangerově enzymové
plus-minus
DNA-microarrays
Maxamově-Gilbertově chemické

Elektroforetické rozlišení  produktů standardních sekvenačních reakcí se provádí:
-v agarozových denaturujících gelech
-v polyakrylamidových nedenaturujících gelech
-v agarozových nedenaturujících gelech
-v polyakrylamidových denaturujících gelech

Přiřadte symboly v sekvenci nukleotidů podle jejich významu:
G/A 
T/C 
G/T 
A/C

Napište reverzní komplementární sekvenci k sekvenci GAATCTG

Asymetrická polymerázová řetězová reakce pro automatické sekvencování ...

Vícenásobné pokrytí stanovované sekvence dosáhneme:

Symbol W v sekvenci nukleotidů má význam