05TEST Hybridizace

Hyperchromní efekt provázející denaturaci DNA se projeví:
-zvýšením absorbce viditelného světla
-zvýšením bodu tání DNA
-zvýšením absorbce UV-světla o vlnové délce 260 nm
-snížením absorbce světla
-zvýšením fluorescence etidiumbromidu v gelu

Který enzym se používá k vytváření zlomů při značení DNA posunem jednořetězcového zlomu (tzv. „nick translací“)?
DNáza I
S1 nukleáza
Restrikční endonukleáza EcoRI
Exonukleáza Bal 31
DNA-polymeráza I

Pro značení DNA-sond pomocí náhodných hexanukleotidů se používá enzym:
DNA-polymeráza I
terminální fosforyláza
alkalická fosfatáza
polynukleotidkináza
terminální transferáza

Pro značení 5'-konců DNA jako hybridizačních sond lze použít:
-alkalickou fosfatázu a následně T4-DNA polymerázu za přítomnosti 32P-ATP
-alkalickou fosfatázu a následně terminální transferázu za přítomnosti 32P-ATP
-terminální transferázu za přítomnosti  32P-ATP
-fosfatázu za přítomnosti  32P-ATP

Denaturace DNA je:
-za standardizovaných podmínek využívána ke stanovení teploty tání DNA
-oddělení komplementárních vláken DNA působením extrémně kyselého pH
-doprovázena hyperchromním efektem
-oddělení komplementárních vláken DNA působením vysoké teploty
-za standardizovaných podmínek využívána ke stanovení obsahu G+C

Při denaturaci DNA se:
-nemění absorbce světla při vlnové délce 260 nm
-zvyšuje absorbce světla při vlnové délce 260 nm
-snižuje absorbce světla při vlnové délce 260 nm

Které z pomůcek nepotřebujeme pro Southernův přenos a hybridizaci? 
roztok NaOH
agarózový gel
elektroforetickou vanu
vodu
nylonovou membránu
mikroskop
termostat pro inkubaci při požadované teplotě
buničitou vatu
hybridizační sondu

Přenos DNA z gelu na hybridizační membránu označujeme jako:
Southernův přenos
westernový přenos
northernový přenos

Seřaďte ve správném pořadí jednotlivé kroky prováděné při přípravě gelu pro Southernův přenos:
-depurinace v roztoku kyseliny chlorovodíkové
-vyfotografování gelu
-neutralizace gelu
-obarvení gelu etidiumbromidem
-provedení elektroforézy
-nanesení vzorků DNA do gelu
-sestavení Southernova přenosu
-denaturace DNA pomocí NaOH

Jako genové sondy se mohou použít při hybridizaci nukleových kyselin:
-mRNA značená neradioaktivně 
-restrikční fragmenty značené radioaktivně 
specifické fragmenty vektorové DNA, v níž byla vyhledávaná DNA klonována DNA klonovacích vektroů 
-cDNA značená neradioaktivně nebo radioaktivně 
-synteticky připravené DNA oligonukleotidy značené neradioaktivně

Pro značení 3'-konců DNA jako hybridizačních se používá:
-polynukleotidkináza
-alkalická fosfatáza
-terminální fosforyláza
-DNA-polymeráza z bakteriofága T4
-terminální transferáza

Teplota tání DNA v roztoku klesá v případě, že:
-se sníží obsah solí v roztoku
-se zvýší obsah solí v roztoku

Teplota tání DNA je:
-je označena symbolem MT
-pohybuje se v rozmezí teplot zhruba 10 - 100 °C
-je označena symbolem Tm
-teplota, při níž zdenaturovalo 100 % dvoušroubovicových molekul DNA
-stanovována pomocí spektrofotometrie
-pohybuje se v rozmezí teplot zhruba 30 - 80 °C
-teplota, při níž zdenaturovalo 50 % dvoušroubovicových molekul DNA

Posun jednořetězcového zlomu neboli tzv. "nick-translace" je:
-způsob značení DNA
-způsob značení RNA
-způsob značení proteinů

Hybridizace DNA je:
-založena na schopnosti nukleových kyselin denaturovat a renaturovat
-oddělení komplementárních vláken DNA
-tvorba dvouřetězcových hybridů ze dvou komplementárních jednořetězcových molekul
-doprovázena snížením absorbce UV-světla

Při tečkové hybridizaci analyzujeme:
sekvence DNA
DNA v gelech
bakteriální kolonie
DNA v roztoku nanesenou ve formě kapek na pevný podklad