04TEST Elektroforeza

DNA v agarózovém gelu obarvená etidiumbromidem po ozáření UV-světlem fluoreskuje:
zeleně
modře
oranžově
fialově

Které z následujících metod barvení gelů nevyžaduje detekci pod UV-světlem?
-barvení pomocí SYBR green
-barvení etidiumbromidem
-barvení stříbrem

Zatrhněte správné odpovědi, týkající se přípravy agarózového gelu pro elektroforézu:
-po vytažení hřebenu z gelu, povrch gelu přelijeme vodou
-rozvařenou agarózu naléváme po ochlazení na teplotu 20 °C
-před vytažení hřebenu z gelu, povrch gelu přelijeme elektroforetickým pufrem -rozvařenou agarózu naléváme po ochlazení na teplotu 50 °C

Jako standardy velikosti se při standardní agarózové gelové elektroforéze používají chromozomy kvasinek:
-restrikční fragmenty DNA fága lambda
-kovalentně spojené restrikční fragmenty genomové DNA fága lambda
-restrikční fragmenty genomové DNA člověka
-bromfenolová modř

Vyberte správné pořadí vzorků podle jejich elektroforetické mobility v agarózovém gelu vzhledem k poloze startu:
1. mRNA;
2. 3500 bp dlouhý fragment dsDNA (lineární);
3. plazmid o velikosti 3500 bp (forma kruřnicová, nadšroubovicová);
4. 50 000 bp dlouhý fragment ds DNA (lineární).
Vzorky seřaďte od startu elektroforézy.

Bromfenolová modř se při elektroforéze DNA používá inhibitor nukleáz:
-pro obarvení DNA při detekci
-jako indikátor průběhu elektroforézy
-jako látka o vysoké densitě umožňující nanesení vzorku na gel

Ethidiumbromid se při manipulacích s DNA používá pro:
-obarvení DNA
-štěpení DNA
-nanesení DNA do gelu
-inaktivaci nukleáz

Nukleové kyseliny putují během elektroforézy:
-od elektrody záporně nabité ke kladně nabité nebo naopak, v závislosti na konformaci neputují, protože nenesou náboj
-od elektrody kladně nabité k záporně nabité
-od elektrody záporně nabité ke kladně nabité

Agaróza je:
-polymer vznikající radikálovou reakcí 
-polysacharid složený ze 2 různých typů sacharidů
-bílkovina
-polysacharid složený z 1 typu sacharidu

Zatrhněte správné odpovědi, týkající se přípravy agarózového gelu pro elektroforézu:
-agarózu rozvařujeme v elektroforetickém pufru
-dbáme na to, aby při nalévání nevznikly vzduchové bubliny v gelu
-před nalitím agarózy do tvořítkau vložíme hřeben
-agarózu rozvařujeme v destilované vodě
-po utuhnutí agarózy v tvořítku, vložíme hřeben

Při preparativní agarózové elektroforéze pozorujeme DNA v agarózovém gelu obarvenou etidiumbromidem
-v ultrafialovém světle o vlnové délce 365 nm
-v ultrafialovém světle o vlnové délce 254 nm
-v infračerveném světle
-v červeném viditelném světle
-v ultrafialovém světle o vlnové délce 380 - 500 nm

DNA v agarózovém gelu obarvenou etidiumbromidem pozorujeme
-v ultrafialovém světle o vlnové délce 254 - 302 nm
-v červeném viditelném světle
-v ultrafialovém světle o vlnové délce 380 - 500 nm
-po tmě bez ozáření speciálním světlem
-v infračerveném světle

Nukleové kyseliny putují během elektroforézy:
-od elektrody záporně nabité ke kladně nabité nebo naopak, v závislosti na konformaci
-od elektrody kladně nabité k záporně nabité 
-od elektrody záporně nabité ke kladně nabité
-neputují, protože nenesou náboj

Optimální velikost separovaných molekul nukleových kyselin u standardní agarózové gelové elektroforézy je:
10 bp – 1 000 bp
100 bp – 50 000 bp
10 kbp – 1 000 kbp

Optimální velikost separovaných molekul nukleových kyselin u polyakrylamidové gelové elektroforézy je:
100 bp – 50 000 bp
10 bp – 1 000 bp
10 kbp – 1 000 kbp

Jako standardy velikosti se při standardní agarózové gelové elektroforéze používají:
-chromozomy kvasinek
-restrikční fragmenty genomové DNA člověka
-restrikční fragmenty DNA fága lambda
-kovalentně spojené restrikční fragmenty genomové DNA fága lambda
-bromfenolová modř

Jako standardy velikosti se při pulzní gelové elektroforéze používají:
-restrikční fragmenty DNA fága lambda
-kovalentně spojené restrikční fragmenty genomové DNA fága lambda
-restrikční fragmenty genomové DNA člověka
-chromozomy kvasinek
-bromfenolová mod

Vytvořte dvojice odpovídající uspořádání elektroforézy a používaného nosiče

Horní limit separace pro standardní agarózovou gelovou elektroforézu je:
1 000 bp
50 000 bp
2 Mbp
10 Mbp

Horní limit separace pro pulzní gelovou elektroforézu je:
50 000 bp
2 Mbp
10 Mbp
1 000 bp

Nanášecí pufr pro elektroforézu zajišťuje následující požadavky:
-snížení hustoty nanášeného roztoku
-zastavení aktivity restrikčních endonukleáz a ukončení štěpení
-přidání pohyblivého barviva, které má funkci indikátorů průběhu elektroforézy
-obarvení nukleové kyseliny
-denaturace vzorku DNA
-obarvení nanášeného roztoku
-zvýšení hustoty nanášeného roztoku

Elektroforetická mobilita fragmentů dvouřetězcové DNA je:
-nepřímo úměrná dekadickému logaritmu velikosti DNA
-nepřímo úměrná velikosti DNA
-přímo úměrná dekadickému logaritmu velikosti DNA
-přímo úměrná velikosti DNA

Teplota významně ovlivňuje rychlost migrace nukleových kyselin:
-při standardní agarózové gelové elektroforéze
-při pulzní gelové elektroforéze
-při polyakrylamidové gelové elektroforéze

Obsah guaninu a cytozinu významně ovlivňuje rychlost migrace nukleových kyselin
-při standardní agarózové gelové elektroforéze
-při denaturační polyakrylamidové gelové elektroforéze
-při polyakrylamidové gelové elektroforéze
-při pulzní gelové elektroforéze
-při standardní agarózové gelové elektroforéze s některými barvivy vázajícími se na DNA

Které z chemikálií používaných při elektroforéze jsou mutagení nebo karcinogenní?
EDTA
etidiumbromid
polyakrylamid
akrylamid
agaróza
bromfenolová modř

jakou metodu byste použili pro detekci DNA-fragmentu v agarozovém gelu, pokud jeho koncentrace dosahuje řádově 10pg/ml?
barvení stříbrem
značení radioaktivním fosforem
barvení etidiumbromidem